Институт биоорганической химии привлек к разработке нового антитела от COVID-19 суперкомпьютер

Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова (ИБХ) заключил договор на использование вычислительных ресурсов и проведение расчетов на суперкомпьютере «Ломоносов-2», обратил внимание «ФВ».

Работы выполняются в рамках разработки каталитического антитела к спайковому белку нового коронавируса, указано в договоре. Документ есть в распоряжении «ФВ».

Услуги пользования суперкомпьютером предоставляет научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета (МГУ). Работы с использованием ресурсов суперкомпьютера «Ломоносов-2» планируются до середины ноября 2024 года, указано в договоре. Стоимость работ приближается к 900 тыс. руб.

«Ломоносов-2» входит в десятку самых мощных суперкомпьютеров стран СНГ и ТОР500 наиболее мощных компьютеров мира по состоянию на июнь текущего года.

Разработка ведется при поддержке и финансировании Российского научного фонда (РНФ), указано в договоре.

В описание проекта ИБХ на сайте РНФ включены характеристики разрабатываемого антитела, обнаружил «ФВ». Оно будет отличаться от существующих антител против COVID-19 новым механизмом действия.

Привычные антитела для лечения коронавирусной инфекции связывают и нейтрализуют вирус. Однако для подавления активности вируса требуется достаточно высокая концентрация иммунобиологического препарата. По расчетам дозировка должна быть в 10 раз выше, чем доза привычных моноклональных антител для лечения опухоли.

Необходимо учитывать также изменчивость коронавируса из-за мутаций спайкового белка, что делает со временем антитела для лечения COVID-19 неэффективными.

Новое антитело, разрабатываемое ИБХ, будет расщеплять спайковый белок коронавируса, то есть обладать каталитической активностью.

Лекарство-кандидата можно применять против новых вариантов коронавируса и других опасных возбудителей, используя разработанный подход.

Задача потребует значительных вычислительных ресурсов для отбора антител-кандидатов, указано в описании проекта. Для «проектирования» каталитического центра будет использована информация о всех известных протеолитических активных центрах и всех известных структурах антител. Предполагаемое количество вариантов превосходит число в любом ранее проведенном исследовании.

Отбор вариантов для дальнейшей проверки в эксперименте будет проходить с помощью современного метода моделирования реакций, указано в проекте.

При успешной разработке антитело может стать препаратом, снижающим количество вируса при тяжелом течении инфекции.

Работы при поддержке РНФ должны завершиться в 2024 году.