Ученые Института органической химии нашли новый путь предсказания эффективности препаратов

Ученые Института органической химии имени Н.Д. Зелинского РАН задумались о возможности предсказать эффективность лекарств за счет расчета взаимодействия вещества, входящего в состав препарата, с белками-мишенями.

На сегодняшний день наиболее точно предсказать энергию связывания веществ с белками-мишенями позволяет так называемый метод возмущения свободной энергии. Однако он имеет серьезный недостаток – значительный объем вычислительных ресурсов для расчета даже самых простых соединений.

Олег Строганов, кандидат химических наук, научный сотрудник Института органической химии имени Н.Д. Зелинского РАН, вместе с коллегами открыли новый способ расчета свободной энергии, в точности не уступающий методу возмущений свободной энергии.

Исследователи обнаружили молекулы воды, прочно связывающиеся с белком. Возможность их вытеснения химическими соединениями иногда используется при разработке лекарств, однако эффект этого процесса сложно предсказать. С помощью своего нового метода расчета ученые намерены  рассчитать оптимальные позиции воды одновременно с изменением пространственного расположения атомов в молекуле белка. Проект: «Быстрые методы учета растворителя для улучшения расчета свободной энергии связывания» стал одним из семи победителей конкурса «Авангард знаний», организованного компанией AstraZeneca.

Олег Строганов уверен, что новшество позволит существенно повысить точность предсказания эффективности лекарств и значительно снизить  стоимость разработки новых препаратов.

«Пока работа над проектом приостановлена – на сегодняшний день все наши силы брошены на другое исследование. Честно говоря, для меня победа в конкурсе «Авангард знаний» стала неожиданностью, поэтому особых планов на активное продолжение работы не было», - рассказал ученый. По его словам, к работе «Быстрые методы учета растворителя для улучшения расчета свободной энергии связывания» ученые намерены вернуться в 2013 году, в группе будет уже три человека. «Пока предложений о сотрудничестве в работе над нашим проектом не получили, но надеемся, что все еще впереди», - заметил Олег Строганов.